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《もやしもん》根据作者的说明，是描写“在农业大学不断与细菌和病毒战斗的人们东跑西窜的故事”。围绕着被认为在东京的“某农业大学”入学的，能感知到“细菌的存在”这样不可思议能力的主人公·泽木惣右卫门直保的校园故事。泽木察觉到“细菌”的存在，把细菌以可爱的变形角色在作品中描绘，以这种造型吸引了大量的女性和青年层爱好者。实际上，在作者的网站和BBS上，也表明该作品同样适合儿童阅读，因此并没有面向成人的描写。作品中大量加入脚注的手法，让人想起同属讲谈社的另一部漫画《攻壳机动队》，当然本作的注释都是有关“菌”的作者记述。